feat: Agent 运行时、对话 API、作业助手与引擎修复及前端执行超时

- agent_runtime 模块与 agent_chat API，前端 AgentChat 视图与路由对接
- workflow_engine: code 节点命名空间与 json 引用修复
- llm_service: 工具调用 extra_body（如 DeepSeek）
- create_homework_manager_agent / _3 脚本与测试脚本扩展
- frontend: WORKFLOW_EXECUTION_HTTP_TIMEOUT_MS、AgentChatPreview/MainLayout 等
- 文档：架构说明与自主 Agent 改造完成情况

Made-with: Cursor

frontend/src/components/MainLayout.vue

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             <el-icon><User /></el-icon>
             <span>Agent管理</span>
           </el-menu-item>
+          <el-menu-item index="agent-chat" @click="router.push('/agent-chat')">
+            <el-icon><ChatLineSquare /></el-icon>
+            <span>Agent对话</span>
+          </el-menu-item>
           <el-menu-item index="executions">
             <el-icon><List /></el-icon>
             <span>执行历史</span>